Bei seiner letzten Mission ist etwas schief gegangen und Ninja-Spezialagent Reeve verliert sein sein Gedächtnis. Ihm sind nicht nur zahlreiche Verbrecher auf den Fersen, auch seine einstigen Kameraden von der mysteriösen Regierungsorganisation verfolgen seine Schritte. Unter den fähigen Händen seines Mentors John Carpenter ist er bei der mittlerweile dicht gemachten Einheit zur perfekten Tötungsmaschine ausgebildet worden und hat alle mentalen Fähigkeiten erworben, die dafür vonnöten sind. Glücklicherweise ist Reeve nun nicht ganz auf sich allein gestellt. Auf die Unterstützung von Carpenter kann der Kämpfer zählen. Er muss sich aber auch den Dämonen seiner Vergangenheit stellen, damit er die Essenz seines Ninjutsu versteht und seine fehlenden Erinnerungen wieder abrufen kann. Auf diesem Weg kommt er langsam einer Verschwörung auf die Spur.