Viele Jahre nach den letzten Ereignissen haben sich in der Oase, in die Caesar seine Artgenossen geführt hat, viele Affengesellschaften weiterentwickelt. Währenddessen entwickelten sich die Menschen immer weiter zurück in einen verwilderten Zustand. Einige der Affenclans haben noch nie etwas von Caesar gehört. Andere nutzen dessen Legendenstatus aus, um seine Lehren zugunsten ehrgeiziger Ziele zu verdrehen. Vor diesem Hintergrund versklavt ein Affenanführer andere Clans, um eine geheime, menschliche Technologie zu finden. Als ein anderer Affe mitansehen muss, wie seine Sippe entführt wird, begibt er sich zusammen mit einem menschlichen Mädchen auf die Suche nach Freiheit.