Die Geschichte spielt 1999 in Australien, in der ruhigen Stadt Jardine, wo der Polizist Jay Swan, ein junger, charismatischer Beamter, in seiner neuen Polizeistation ankommt. Als Neuling ist Jay zwar ein neuer Polizist, aber nicht neu in der Stadt. In dieser kleinen Stadt trifft Jay auf Jack, seinen entfremdeten Vater, und auf die Frau, die sein Leben für immer verändern wird, Mary. Mystery Road: Origin erzählt, wie ein tragischer Tod, eine epische Liebe und die brutale Realität des Lebens als Polizist in zwei Welten sein Leben für immer verändern werden.