„The Boys“ spielt in einer Zeit, in der den Superhelden ihre Berühmtheit zu Kopf gestiegen ist. So verhalten sie sich immer öfter verantwortungslos und bringen damit die Bevölkerung in Gefahr. Ein Team der CIA, informell bekannt als „The Boys“, ist damit beauftragt, die Superhelden im Auge zu behalten und manche von ihnen sogar aus dem Weg zu räumen.