Prisoner handelt von der prinzipientreuen Justizbeamtin Amber (Izuka Hoyle), die den versierten Killer und wertvollen Gefängnisinsassen Tibor (Tahar Rahim) zu einem Gerichtssaal eskortieren muss. Dort soll der Inhaftierte gegen das hochrangige Verbrechersyndikat aussagen, für das er früher tätig war. Als ihr Konvoi in einen Hinterhalt gerät, ist die junge Frau gezwungen, mit Tibor die Flucht zu ergreifen. Als einzige Überlebende setzen die beiden, während sie aneinandergekettet sind, alles daran, heil und rechtzeitig ihr Ziel zu erreichen. Unterwegs wird ihre fragwürdige Allianz auf die Probe gestellt. Denn Tibors frühere Gangsterfreunde kommen ihnen immer näher. Vertrauen wird dabei zu einer Waffe. Noch dazu ergibt sich aus ihrer Verbundenheit durch die Handschellen ein moralisches Dilemma. Amber muss sich fragen, wie weit sie gehen will, um das zu beschützen, was ihr am meisten bedeutet.